Lauréat de l'European Organ Competition de Bolton (Grande-Bretagne 1992) et de l'Internationale Orgel Konkurrence d'Odense (Danemark 1994), Frédéric Desenclos est organiste assistant à la Chapelle Royale du Château de Versailles et professeur d'orgue à l'E.N.M. d'Orsay at au C.N.R. de Versailles.
Son intérêt pour la pratique de la basse continue et sa connaissance de la musique française l'amènent en 1994 à prendre les fonctions d'organiste-continuiste au Centre de Musique Baroque de Versailles.
Une large part de son activité discographique est consacrée au répertoire baroque qu'il a enregistré pour plusieurs firmes dont Triton, Auvidis, Emi-Virgin Classics.

Depuis 1999, Frédéric Desenclos a constitué l'Ensemble Pierre Robert, ensemble vocal et instrumental spécialisé dans l'interprétation du motet français à petit effectif. Plusieurs enregistrements sont à paraître, consacrés notamment aux maîtres de chapelle de Louis XIV (Alpha).

Son activité de concertiste le conduit à participer à de nombreuses manifestations musicales prestigieuses : Amsterdam, Haarlem, Denver, Nantes, Poitiers, Saintes, Saint-Michel en Thiérache, Toulouse, Versailles, Zaragoza ...